4.1.12 Biofyzika

     

Profil absolventa

Absolvent študijného programu Biofyzika ovláda vedecké metódy biofyziky, ktoré je schopný tvorivým spôsobom aplikovať na riešenie širokého spektra problémov v oblasti vied o živej prírode (fyziológia, molekulová biológia, biochémia, farmakológia a teoretická medicína, teoretická biológia a medicína, imunológia, bioinformatika). Ovláda metódy a praktickú aplikáciu najnovších interdisciplinárnych vied v oblasti biológie, nanotechnológií a bioinformatických technológií. Absolvent odboru vedecky báda a prináša pôvodné, originálne riešenia nastolených problémov a má aktívne osvojenú metodiku vedeckej práce, vedeckej formulácie problému, publikovanie výsledkov vedeckého výskumu a ich prezentáciu na odborných podujatiach.

Študijný poriadok doktorandského štúdia na UPJŠ
Študijný program
Prideľovanie kreditov na UPJŠ

Garanti štúdia

Hlavný garant Ing. Alexandra Zahradníková, DrSc.
Spolugaranti Mgr. Marta Gaburjáková, PhD.
RNDr. Ivan Zahradník, CSc.

Školitelia

Mgr. Jana Gaburjáková, PhD.
doc. RNDr. Ľubica Lacinová, DrSc.
RNDr. Michal Cagalinec, PhD
RNDr. Alexandra Zahradníková, PhD.
Mgr. Vladimír Leksa, PhD., Ústav molekulárnej biológie SAV
RNDr. Karol Ondriaš, DrSc., Ústav klinického a translačného výskumu, BMC SAV

Požiadavky na prijímacie konanie

Na prijímacích pohovoroch budú vyžadované znalosti, v závislosti na zvolenej téme dizertačnej práce, v rozsahu štátnych záverečných skúšok v študijných odboroch biofyziky, biochémie alebo molekulovej biológie. V prípade absolventa medicíny budú požadované všeobecné znalosti a orientácia v biochémii a molekulovej biológii.

Prijímacie pohovory akad. rok 2016/17 sa konali dňa 16. 6. 2016 o 10:00 hod. v zasadačke OVSB ÚMFG SAV


Témy dizertačných prác – akademický rok 2016/2017:


Miesto realizácie: Oddelenie pre výskum svalových buniek (OVSB) www.confolab.sav.sk/sk/
Ústav molekulárnej fyziológie a genetiky SAV, Dúbravská cesta 9, Bratislava
Téma: Lokálny aspekt spätnej väzby v spriahnutí excitácie s kontrakciou.
Local aspects of calcium feedback in excitation-contraction coupling.
Školiteľ: Ing. Alexandra Zahradníková, DrSc. alexandra.zahradnikova@savba.sk
Školiteľ-špecialista: RNDr. Alexandra Zahradníková, PhD. saschia.zahradnikova@savba.sk

Anotácia:

Spätná väzba vo vápnikovej signalizácii pri spriahnutí excitácie s kontrakciou reguluje vápnikovú homeostázu srdcovej svalovej bunky, dĺžku akčného potenciálu a rýchlosť repolarizácie membrány, čo má vplyv na vznik včasných následných depolarizácií. Cieľom práce je sledovať vplyv lokálneho uvoľňovania vápnika na priebeh inaktivácie vápnikového prúdu a zmeny v spätnoväzobnom molekulovom komplexe počas postnatálneho vývoja a fyziologickej a patologickej hypertrofie myokardu. Hlavnými metódami budú patch-clamp v spojení s konfokálnoumikroskopiou, western blot a qPCR pre stanovenie expresie proteínov a imunofluorescenčné značenie proteínov diadického komplexu.


Miesto realizácie: Oddelenie pre výskum svalových buniek (OVSB) www.confolab.sav.sk/sk/
Ústav molekulárnej fyziológie a genetiky SAV, Dúbravská cesta 9, Bratislava
Téma: Využitie mikroskopie so super vysokým rozlíšením pri štúdiu morfologických zmien srdcových buniek u Wolframovho syndrómu.
Study of morphological changes in Wolfram syndrome using super-resolution microscopy.
Školiteľ: RNDr. Michal Cagalinec, PhD. michal.cagalinec@et.ee

Anotácia:

Wolframov syndróm (WS) je ochorenie spôsobené mutáciou Wfs1 génu. Wfs1 je exprimovaný vo vysokej miere v mozgu a srdci a je lokalizovaný v membráne endoplazmatického retikula (ER), kde moduluje hladinu vápnika a ER stres. Naviac, časť príznakov WS predstavujú príznaky typické pre mitochondriálne ochorenia. Cieľom tohto projektu je preto objasniť, či u potkanov s deléciou Wfs1 génu sú prítomné ultraštrukturálne zmeny srdcových buniek, ktoré budú detekované pomocou mikroskopie so super vysokým rozlíšením ako alternatívy k elektrón-mikroskopickým technikám.


Miesto realizácie: Oddelenie bunkovej fyziológie a genetiky (OBFG) 
Ústav molekulárnej fyziológie a genetiky SAV, Dúbravská cesta 9, Bratislava
Téma: Vápniková regulácia srdcového ryanodínového receptora.
Calcium regulation of the cardiac ryanodine receptor.
Školiteľ: Mgr. Marta Gaburjáková, PhD. marta.gaburjakova@savba.sk
Školiteľ-špecialista: Mgr. Jana Gaburjáková, PhD. jana.gaburjakova@savba.sk

Anotácia:

Kontrakcia srdcových svalových buniek nastáva po masívnom uvoľnení Ca2+ z cisterien sarkoplazmatického retikula cez aktivované ryanodínové receptory (RYR2), ktoré pracujú ako Ca2+ kanály. Hlavným fyziologickým aktivátorom RYR2 kanálov je cytozolický Ca2+, ktorý sa naväzuje na objemnú cytozolickú doménu. Dôležitú úlohu však zohráva aj luminálna regulácia, ktorá je sprostredkovaná väzbou Ca2+ na minoritnú luminálnu časť RYR2 kanála. V súčasnosti sa intenzívne hľadajú väzbové miesta pre Ca2+ na RYR2 kanáli a cieľom PhD. práce bude získanie nových originálnych poznatkov o lokalizácii týchto z fyziologického hľadiska dôležitých regulačných miest. Na splnenie cieľov PhD. práce sa využijú elektrofyziologické experimenty na úrovni jednotkových RYR2 kanálov v kombinácii so spektroskopickými, biochemickými a bioinformatickými metódami.