Matematické modelovanie

Mathematica (Wolfram Research), MATLAB (MathWorks), Huygens (Scientific Volume Imaging), pClamp (Axon Instruments), Origin (OriginLab), Chimera (UCSF), SITUS (Biomachina.org), LAS X (Leica), Modeller (salilab.org), vlastný softvér v jazyku C++     

Metódy analýzy:

  • analýza merania a simulácie izolovaných kanálov, záznamov iónových prúdov
  • analýza vápnikových signálov v bunkách
  • analaýza pasívnych elektrických vlastností buniek
  • lokalizácia proteínových štruktúr do máp elektrónovej hustoty
  • 3D rekonštrukcia konfokálnych a wide-field  obrazových sérií
  • dekonvolúcia konfokálnych a wide-field obrazových sérií
  • kvantitatívna morfometria metódou vertikálnych rezov
image Hugens3D  CellAnalyzer

Matematické modelovanie a simulácia sa používajú na:

  • vývoj Markovovských modelov vrátkovania ryanodínového receptora, ktoré spájajú väzbu ligandov (Ca2+, Mg2+, ATP) s otváraním kanála
  • vývoj stochastických modelov, ktoré spájajú aktivitu jednotlivých kanálov s aktivitou skupín kanálov tvoriaci diádu srdcových myocytov
  • simulácia aktivity jednotkových kanálov a kanálových skupín
  • simulácia vápnikového záblesku a šírenie vápnikových vĺn
  • konštrukcia geometrických modelov svalových buniek
  • modelovanie štruktúry proteínov

Cieľom týchto štúdií je porozumieť vzťhom medzi štrukúrou a funkcioiu iónových kanálov a vzťahu medzi aktivitou jednotlivých iónových kanálov v izolácii a ich aktivitou v bunke.

  wave  modelcell molecule